生物能源与生物工程研究室”以微生物菌种创制、高密度发酵技术、微生物资源应用，及有机废弃物的能源化处理等为研究方向，搭建微生物资源食品应用研究平台。重点研究高附加值的微生物资源食品生产、食品酿造、生物质能源化和环境改善等技术，进行工程化验证，最终实现产业化。该实验室的项目案例：（1）成功进行了花生四烯酸等菌种的诱变选育，转化到企业形成了可观的经济和社会效益。花生四烯酸产业化至今已累计实现销售额20亿元以上。（2）完成N-乙酰神经氨酸生物制备技术（SA）、β-胡萝卜素、番茄红素、DHA等发酵产品开发，已转化到企业进行市场开发。其中，SA产品近年来呈现大规模应用的趋势。（3）实现微生物菌剂在巢湖蓝藻治理的臭气处理中的应用。在巢湖蓝藻处理站中建设了臭气处理工程，为蓝藻治理贡献力量。（4）完成有机废弃物能源化处置和综合利用解决方案，为合肥等相关地市出具了餐厨废弃物处置方案和建议，与襄阳企业合作完成可复制的综合处理方案。（5）益生菌项目研究：与洽洽食品达成合作，开展益生菌项目研究。
    目前，1、2’-岩藻糖基乳糖发酵优化，发酵产量达到110g/L，正在进行后续优化；2、3’-唾液酸乳糖发酵产量25 g/L，发酵生物量较高，正在进行菌株和发酵条件优化。