重大专项联合办公室主要负责等离子体所的科研业务管理及采购与物质管理。科研业务包括科研项目管理、科研经费与课题管理、知识产权及档案管理等。科研项目主要包括五大专项（EAST、CRAFT、CFETR、ITER和先导B）、合肥综合性国家科学中心项目、合肥大科学中心项目、省市基金等。采购与物资管理主要包括采购及招标管理、器材小额采购管理、验收及物资管理、库房及器材大院管理等。