总控系统负责为实验运行人员提供友好的人机交互接口，包括：放电过程控制、安全联锁、定时同步等模块，用于实验期间放电管理与逻辑控制、子系统调度与状态监控、事件巡检及保护响应等，保障装置及子系统安全稳定运行。

总控系统目前监测电源、真空、波加热等16个关键子系统，巡检周期可优于10us；并向诊断系统提供近300路独立触发通道，单节点同步精度优于10ns。总控系统稳定可靠，相关技术已经应用部署到中国科学技术大学KTX、华中科技大学HFRC、泰国核技术研究所TT-1等装置上，长期运行稳定，故障率为0。